Binokulární mikroskop je přístroj vybavený dvěma okuláry, což umožňuje pozorovateli sledovat preparát oběma očima najednou. Toto uspořádání zajišťuje pohodlnější a méně namáhavé pozorování, zejména při delší práci, protože odpadá nutnost přivírat jedno oko jako u monokulárních mikroskopů s jediným okulárem. Existují dva základní typy binokulárních hlavic. U jednodušších modelů je obraz z jednoho objektivu pouze opticky rozdělen do obou okulárů, což pozorovateli poskytuje plochý, dvourozměrný obraz. Druhým typem je takzvaný stereoskopický mikroskop, který používá dva samostatné optické systémy, každý pro jedno oko. Tyto systémy snímají objekt pod mírně odlišnými úhly, čímž vzniká trojrozměrný, tedy 3D obraz s vjemem hloubky. Tato vlastnost je klíčová pro činnosti vyžadující přesnou manipulaci s pozorovaným objektem, například v biologii při preparaci, v hodinářství, elektronice nebo při kontrole povrchu materiálů. Označení „binokulární“ tedy primárně popisuje konstrukci s dvěma okuláry pro komfortní sledování.